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Arrêts maladie : ce qui change pour vos paies au 1ᵉʳ septembre 2026

Le décret est tombé le 12 juin 2026. À compter du 1ᵉʳ septembre 2026, la durée des arrêts maladie est plafonnée : 31 jours pour une première prescription, 62 jours pour chaque prolongation (décret n° 2026-498 du 12 juin 2026). Pour vous qui produisez la paie, le sujet n’est pas médical. Il est administratif. Plus de prolongations, c’est plus de DSN événementielles, plus de subrogations à réactualiser, et un risque de trop-perçu qui grimpe à chaque renouvellement.

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Quelle est la nouvelle règle ?

La mesure figure dans la **loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la Sécurité sociale pour 2026** (article 81), publiée au Journal officiel le 31 décembre 2025. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 en fixe les durées précises.

Concrètement, à compter du 1ᵉʳ septembre 2026, un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme ne pourra plus prescrire d’emblée un arrêt long. Il devra fractionner :

Première prescription : 31 jours maximum.
Chaque prolongation : 62 jours maximum.

Le prescripteur peut dépasser ces plafonds, mais à une condition : motiver médicalement la nécessité directement sur la prescription, en tenant compte des recommandations de la Haute Autorité de santé (HAS).

Ces plafonds s’appliquent aux prescriptions établies à compter du 1ᵉʳ septembre 2026, pas avant. Un arrêt long prescrit en août 2026 n’est pas concerné. Et la mesure ne s’applique pas à Mayotte.

Le comparatif avant / après, sans confusion

Critère	Avant le 1ᵉʳ septembre 2026	À partir du 1ᵉʳ septembre 2026
Durée de la 1ʳᵉ prescription	Aucune limite légale	31 jours max
Durée d’une prolongation	Aucune limite légale	62 jours max
Dépassement des plafonds	Libre, selon le jugement médical	Possible avec motivation médicale sur l’arrêt
Plafond d’indemnités journalières	360 jours d’IJ sur 3 ans	Inchangé : 360 jours d’IJ sur 3 ans
Délai de carence	3 jours (IJ versées au 4ᵉ jour)	Inchangé : 3 jours

Le plafond de 360 jours d’IJ sur 3 ans ne disparaît pas. Il reste applicable et se cumule avec les nouvelles durées de prescription. Ce sont deux règles différentes, à ne pas confondre dans votre communication.

Qui est concerné, qui ne l’est pas ?

Le plafonnement de la durée de prescription (31 / 62 jours) vise les arrêts maladie non professionnels (régime général et MSA).

Restent en dehors de ce plafonnement de durée : les arrêts maternité, paternité et adoption, et les affections de longue durée (ALD), qui obéissent à des règles propres.

Attention, le point qui piège : les accidents du travail et maladies professionnelles (AT/MP) échappent au plafonnement de prescription, mais pas au reste de la réforme. Un second décret du 13 juin 2026 plafonne la durée d’indemnisation des IJ AT/MP à 4 ans, à compter du 1ᵉʳ janvier 2027. Dire « les AT/MP ne sont pas concernés » est donc faux. Tout dépend de quel volet on parle.

Quel impact concret sur vos paies ?

Le bulletin ne change pas dans sa structure. Ce qui change, c’est le rythme de gestion. Un arrêt qui durait trois mois d’un bloc va désormais arriver en plusieurs morceaux. Et chaque morceau déclenche des obligations.

Vos trois points de vigilance :

Le suivi des dates de fin et des prolongations. Il n’y a pas de limite au nombre de prolongations : le médecin peut en prescrire autant que nécessaire, chacune plafonnée à 62 jours. À vous de ne rien laisser passer entre deux.
La DSN événementielle à chaque nouvelle prescription. Plus de prolongations, c’est mécaniquement plus de signalements d’arrêt à transmettre.
La réactualisation de la subrogation à chaque prolongation. C’est là que se cache le vrai risque.

Exemple

Vous êtes un cabinet comptable et un salarié d’un de vos clients enchaîne quatre prolongations de 62 jours sur l’année. Si votre paramétrage maintient la subrogation en automatique sans vérifier que la CPAM verse bien les IJ, le client avance un salaire qu’il ne récupérera peut-être pas. Si la motivation médicale est jugée insuffisante par le contrôle médical, les IJ peuvent être suspendues et la subrogation tombe à vide. Résultat : un trop-perçu à réclamer au salarié, rarement simple à recouvrer.

Le conseil Staff & Go

Ne maintenez jamais la subrogation « en aveugle » sur un arrêt qui se prolonge. À chaque renouvellement, vérifiez le versement effectif des IJ dans votre logiciel de paie avant de répercuter le maintien de salaire. Encore faut-il ne pas perdre le fil des dates. C’est précisément ce que centralise le module Congés & Absences de Staff & Go : chaque arrêt et chacune de ses prolongations suivis au même endroit, avec des compteurs synchronisés automatiquement avec votre logiciel de paie, sans re-saisie ni décalage. Vous gardez la main sur le calcul ; l’outil vous garantit de ne rater aucun renouvellement.

Un accord de branche ou d’entreprise peut prévoir des dispositions différentes ou plus favorables. Pour une situation précise, consultez un juriste.

FAQ - Ce qu'il faut retenir

Un arrêt de plus de 31 jours est-il encore possible après septembre 2026 ?

Oui. La première prescription est plafonnée à 31 jours, mais le médecin peut prolonger par tranches de 62 jours en justifiant médicalement la nécessité, directement sur l’avis d’arrêt. Le nombre de prolongations n’est pas limité. Pour les ALD et les pathologies lourdes, des règles spécifiques continuent de s’appliquer. Autrement dit : la durée totale d’un arrêt n’est pas plafonnée, c’est la durée de chaque prescription individuelle qui l’est. (Source : décret n° 2026-498 du 12 juin 2026.)

Dans quel délai le salarié doit-il transmettre son arrêt ?

Le salarié dispose de 48 heures pour adresser son arrêt à sa caisse (CPAM ou MSA). Vis-à-vis de l’employeur, le délai est celui prévu par la convention collective ou l’accord d’entreprise ; à défaut, 48 heures. Pensez aussi au support : depuis le 1ᵉʳ juillet 2025, un arrêt papier doit obligatoirement être établi sur le formulaire Cerfa sécurisé, sous peine de rejet par la caisse. (Sources : ameli.fr, service-public.fr.)

Le plafond de 360 jours d'indemnités change-t-il ?

Non. Le plafond de 360 jours d’IJ versées sur une période de 3 ans reste applicable. La réforme de septembre 2026 encadre la durée de chaque prescription, pas le plafond global d’indemnisation. Les deux règles coexistent : un salarié peut enchaîner les prolongations de 62 jours tout en restant soumis au plafond des 360 jours. (Source : franceinfo, citant le décret publié au Journal officiel.)

La règle est-elle définitivement actée ?

Le cadre légal et le décret d’application sont publiés : la mesure entre en vigueur le 1ᵉʳ septembre 2026. Restez toutefois vigilants : la ministre de la Santé a évoqué en janvier 2026 la possibilité de revenir sur ce dispositif. Aucun texte ne l’a concrétisé à ce jour, mais c’est un point à revérifier avant toute communication client à l’approche de septembre. (Sources : Légifrance, communications ministérielles.)

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Article rédigé par

La Team Staff & Go

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