Arrêt de travail : définition, conditions et différence avec l’arrêt maladie

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Un salarié vous remet un avis d’arrêt de travail : quelles sont vos obligations, les siennes, et qui paie quoi ? 

Derrière un document banal se cachent des règles précises, des délais à tenir et une indemnisation à deux étages. 

Définition, conditions, différence avec l’arrêt maladie et démarches à suivre : voici l’essentiel pour gérer la situation sans faux pas.

Qu’est-ce qu’un arrêt de travail ?

L’arrêt de travail est une période pendant laquelle un salarié est dispensé d’exécuter son contrat de travail en raison d’une incapacité temporaire, le plus souvent pour raisons de santé. Concrètement, il suspend le contrat de travail : le salarié n’a plus à fournir sa prestation, et l’employeur n’a plus à verser le salaire habituel (sous réserve du maintien de salaire, on y revient).

Cette incapacité est constatée par un médecin, qui établit un avis d’arrêt de travail précisant sa durée. Ce document, souvent appelé « certificat médical »  déclenche la protection du salarié et le versement éventuel d’indemnités. L’arrêt de travail est donc le terme générique qui couvre plusieurs situations, de la grippe saisonnière à l’accident du travail.

Arrêt de travail et arrêt maladie : quelle est la différence ?

La nuance est simple une fois posée. L’arrêt de travail est le terme large : il désigne toute suspension du contrat pour incapacité, quelle qu’en soit la cause (maladie, accident du travail, maladie professionnelle, maternité…).

L’arrêt maladie en est un sous-cas : un arrêt de travail prescrit pour cause de maladie, d’origine professionnelle ou non. Tout arrêt maladie est un arrêt de travail, mais l’inverse n’est pas vrai. La distinction n’est pas qu’un détail de vocabulaire : selon la cause, le régime d’indemnisation et la protection du salarié changent, notamment pour les accidents du travail et maladies professionnelles.

Arrêt de travailArrêt maladie
DéfinitionTerme générique : toute suspension du contrat pour incapacité temporaireSous-cas : arrêt prescrit pour cause de maladie
Causes couvertesMaladie, accident du travail, maladie professionnelle, maternité…Maladie d’origine professionnelle ou non
Qui le constateUn médecin (ou sage-femme, dentiste dans sa compétence)Un médecin
IndemnisationVariable selon la cause (régime AT/MP plus protecteur)IJ maladie + maintien de salaire éventuel

Les situations donnant lieu à un arrêt de travail

Un arrêt de travail peut être prescrit dans trois grandes situations, qui n’ouvrent pas exactement les mêmes droits.

La maladie d’origine non professionnelle

C’est le cas le plus fréquent : une affection sans lien avec l’activité professionnelle (grippe, intervention chirurgicale, burn-out non reconnu en maladie professionnelle…). Le médecin juge que l’état de santé du salarié justifie un repos. L’indemnisation relève alors de l’assurance maladie classique, avec un délai de carence de 3 jours avant le versement des indemnités journalières.

L’accident du travail et la maladie professionnelle

L’accident du travail (survenu par le fait ou à l’occasion du travail) et la maladie professionnelle (contractée du fait de l’activité) bénéficient d’un régime plus protecteur : indemnités journalières mieux calculées, sans délai de carence, et protection renforcée contre le licenciement pendant la suspension du contrat (article L1226-9 du Code du travail).

Ne pas confondre les deux délais de 48 heures en jeu : ici, c’est l’employeur qui doit déclarer l’accident du travail à la CPAM sous 48 heures (à distinguer de l’envoi de l’avis d’arrêt par le salarié, vu plus bas).

Pour la marche à suivre, voir notre infographie : accident du travail, comment le déclarer dans les 48 heures.

 

Les démarches à effectuer en cas d’arrêt de travail

L’arrêt de travail enclenche une mécanique en deux temps : d’abord le salarié, ensuite l’employeur. Chacun a un rôle précis, et des délais à respecter.

La transmission du certificat médical sous 48 heures

Le salarié doit prévenir son employeur dans les plus brefs délais et lui transmettre l’avis d’arrêt de travail. Il dispose d’un délai de 48 heures pour adresser les volets 1 et 2 à sa caisse primaire d’assurance maladie, et le volet 3 à son employeur. Ce délai conditionne le versement des indemnités journalières : un envoi tardif peut entraîner une réduction, voire une perte de droits.

Les obligations de l’employeur

De son côté, l’employeur doit établir une attestation de salaire, indispensable au calcul des indemnités journalières. Cette transmission s’effectue aujourd’hui via le signalement d’arrêt de travail en DSN (déclaration sociale nominative), sans délai après l’information de l’absence. Selon l’ancienneté du salarié et la convention collective, l’employeur peut aussi devoir compléter ces indemnités au titre du maintien de salaire.

 

Quelle indemnisation pendant un arrêt de travail ?

L’indemnisation repose sur deux étages : les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale, et l’éventuel maintien de salaire assuré par l’employeur.

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale

Pour un arrêt maladie de moins de 6 mois, le salarié doit, pour ouvrir droit aux indemnités journalières, avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois précédant l’arrêt, ou avoir cotisé sur une rémunération au moins égale à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 mois précédents. L’indemnité journalière correspond à 50 % du salaire journalier de base (calculé sur la moyenne des 3 derniers salaires bruts, dans la limite d’un plafond).

Côté durée, les indemnités sont versées dans la limite de 360 jours sur une période de 3 ans pour une maladie ordinaire. En cas d’affection de longue durée (ALD), ce versement peut s’étendre jusqu’à 3 ans.

Le maintien de salaire par l’employeur

Au-delà des indemnités de la Sécurité sociale, la loi prévoit un maintien de salaire à la charge de l’employeur (article L1226-1 du Code du travail). Il s’applique au salarié justifiant d’au moins 1 an d’ancienneté, après un délai de carence de 7 jours en cas de maladie (supprimé pour les accidents du travail et maladies professionnelles). Le salarié perçoit alors 90 % de sa rémunération brute pendant les 30 premiers jours, puis deux tiers (66,66 %) les 30 jours suivants, ces durées étant majorées avec l’ancienneté.

Attention : il s’agit du minimum légal. Votre convention collective ou un accord d’entreprise peut prévoir des conditions nettement plus favorables (carence supprimée, maintien à 100 %, durées allongées). 

C’est la première source d’erreur sur ce sujet : vérifiez toujours votre texte conventionnel avant de calculer ce que vous devez verser. 

Pour aller plus loin, notre kit Congés payés 2026 et obligations employeurs à respecter, réalisé avec Cécile Derouin, avocate, fait le point sur l’articulation entre arrêts maladie et congés.

 

La fin de l’arrêt de travail et la reprise anticipée

À l’échéance de l’arrêt, le salarié reprend son poste. Selon la durée de l’absence, une visite médicale de reprise auprès de la médecine du travail peut être obligatoire : après un arrêt d’au moins 60 jours pour maladie non professionnelle, et dès 30 jours pour un accident du travail (ainsi que pour toute maladie professionnelle).

Si le salarié se rétablit plus vite que prévu, il peut reprendre par anticipation. Il doit alors en informer son employeur et sa caisse d’assurance maladie au plus vite, afin de suspendre le versement des indemnités journalières. Continuer à les percevoir tout en ayant repris le travail expose à un remboursement des sommes indûment versées.

L'astuce RH

La fiabilité commence par un suivi carré des absences. Le module Congés et absences de Staff & Go centralise arrêts, justificatifs et compteurs au même endroit, tandis que le module Gestion des temps assure le décompte précis qui alimente la paie. De quoi tenir les délais (transmission, DSN, reprise) sans rien laisser passer.

FAQ - Ce qu'il faut retenir

Un arrêt de travail est prescrit par un médecin : médecin traitant, spécialiste ou hospitalier. Une sage-femme peut aussi en prescrire un dans le cadre de la grossesse, et un chirurgien-dentiste dans la limite de sa compétence. La téléconsultation permet également la prescription, dans certaines limites de durée. C’est toujours un professionnel de santé habilité qui apprécie l’incapacité.

Oui, mais sous conditions. Par défaut, le salarié doit rester présent à son domicile de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h, y compris les week-ends et jours fériés, sauf soins ou examens médicaux. Le médecin peut autoriser des « sorties libres » s’il le justifie médicalement : dans ce cas, les horaires de présence ne s’appliquent pas. Le non-respect de ces règles peut entraîner une suspension des indemnités journalières.

Si l’état de santé le justifie, l’arrêt peut être prolongé. Pour être indemnisée, la prolongation doit en principe être prescrite par le médecin à l’origine de l’arrêt initial ou par le médecin traitant. Une prolongation établie par un autre médecin peut ne pas être prise en charge, sauf exceptions (impossibilité justifiée, spécialiste). Les mêmes obligations de transmission sous 48 heures s’appliquent à la prolongation.

L’arrêt de travail ne gèle pas totalement le contrat. Un salarié en arrêt maladie d’origine non professionnelle peut être licencié, mais jamais en raison de son état de santé, ce serait une discrimination interdite. Le motif doit être étranger à la maladie (faute, motif économique, désorganisation de l’entreprise). En revanche, pendant un arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle, le licenciement est strictement encadré.

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Article rédigé par

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